יש במלחמה זו קווי דימיון למלחמת עמלק, אך יש גם שוני ביניהם.
המדינים התערבו בריב לא להם, ישראל לא עברו בסמיכותם ולא התיימרו לכבוש את ארצם, ובזה הם דומים לעמלק, אשר גם הוא נכנס למלחמה נגדנו על ריב לא לו. בשניהם מופיעה שנאה לא טבעית.
אבל אנו מבחינים בהבדל ביניהם. כלפי מדיין צווינו במלחמת נקמה חד פעמית אמנם אכזרית. לעומת זאת כלפי עמלק אנו מצווים לדורות ללחום בהם עד שנמחה אותם מתחת השמים.
במלחמת מדיין ישראל השאירו בחיים את הטף בנשים ואף לקחו הרבה שלל. לעומת זאת לגבי עמלק צווינו לא להחיות כל נשמה ולא לקחת שלל.
בהתבוננות מעמיקה נראה שמטרותיהם היו שונות ובהתאם להן גם התגובה שלנו. עמלק רצה למחוק אותנו פיזית מעל פני כדור הארץ, השמדה טוטאלית שלנו, כך בתורה וכך ניסה המן העמלקי בפורים וכך גם כמעט והצליח היטלר הגרמני.
לעומת זאת מדיין רצו להפיל אותנו מוסרית, ליצור נתק ביננו לבין אבינו שבשמים. הם פעלו באמצעות הזנות והעבודה זרה לקחת בשבי נצוצות של קדושה ולהאיר באמצעותם את הטומאה החשוכה.
המצוה המוטלת על ישראל היתה מידתית. כנגד הרוצים להשמידנו פיזית קיבלנו מצוה להשמיד אותם. כנגד הרוצים להפילנו לטומאה - משימתנו להכניעם ולהרים חזרה לקדושה את כל מה שניתן. לכן דוקא במלחמה זו יש עיסוק רב בשלל, ובדרכי הטהרה שלו. את המלחמה עשו אנשים צדיקים החפצים בקדוש השם. לא נהרג בה אף לוחם מישראל. בעקבות זאת באים ראשי הצבא ומבקשים להביא תרומה לבית המקדש משלל המלחמה. המעניין שהם מביאים בעיקר תכשיטי נשים. אולי היו אלו תכשיטים שאך קודם שימשו כלי עזר לפתות את בני ישראל. בין התכשיטים לדוגמא מוזכר אחד בשם כומז שהן היו לובשות אותו כנגד מקום הערווה. ודוקא אותם ראשי הצבא רצו להקדיש לגבוה. והשם קיבל את מתנתם. ובזה גם נוכל להבין מדוע הלוחמים לקחו שלל את נשות מדין.
אמנם משה ואלעזר קצפו עליהם. התברר שאין מקום להרים לקדושה אותן שכבר ידעו משכב זכר. אבל הקטנות הושארו בחיים ובעצם צורפו לעם ישראל.
גם במלחמות האדם הפרטי ישנם שני סוגים אלו של מלחמות:
בחינת עמלק היא הקרירות בעבודת השם, הספקנות והציניות. להם אין כלל מקום. ועשיתם לו כאשר זמם לעשות לכם.
אבל כלפי היצרים שמנסים למשוך אותנו אל הטומאה. אנו לאחר הכנעה שלהם באים לרתום אותם לעבודת השם.
האתגר שלנו להפוך תאוות לאהבות אמיתיות. להפוך יצרים לכוחות יצירה לרכב על החמור הלבן בדרך העולה לבית הבחירה. לתאות המין לדוגמא יש תפקיד חיובי בתוך בניית בית נאמן בישראל.
לכן אנו קוראים בקריאת שמע, ואהבת את ה׳ אלוהיך בכל לבבך. שאלו חז"ל מה פרוש בכל לבבך? וענו בשני יצריך. האתגר לעבוד את ה' גם עם היצר הרע, עם כל כוחות החיים.