על אף הסדר הכרונולוגי בהופעת הצרעת מציין המקרא את הצרעת הראשונה בגוף האדם, ורק אחריה את צרעת הבגדים וכתלי הבתים. הטעם לסדר ההפוך נעוץ בסיבה לגמרי פרקטית: דיני הצרעת נמסרו במדבר כשהעם הישראלי עדיין לא נחל את ארצו וממילא את בתיו, ומכאן שצרעת הבתים לא הייתה רלוונטית. רק צרעת הגוף [והבגדים] שייכת הייתה גם במדבר ומפני כך צוינה ראשונה. קולות אחרים טוענים כי על אף הופעתה הפיסית הראשונה של צרעת הבתים רצה המקרא להדגיש כי בסופו של דבר הכול נובע מהאדם עצמו, כלומר גם צרעת הבתים והבגדים הם פונקציה של חטא האדם גופו ועל כן צוינה צרעת הגוף ראשונה על אף שבאופן פיסי הופיעה אחרונה. אגב, במקרים בהם הוכרזו הבגדים והבתים כנגועים בצרעת היה הכהן שורף את הבגדים ומנתץ את קירות הבתים בהם הופיעו כתמי הצרעת.
כיצד הופיעה הצרעת? לאחר שהופיעו הפצעים – כתמים על עורו של האדם "אדם כי יהיה בעור בשרו שאת או ספחת או בהרת" מובהל החולה אל הכהן לצורך אבחנת הפצע. מדוע דווקא אל הכהן ולא אל רופא עור למשל? כפי שכבר הובהר הצרעת אינה מחלה קונבנציונאלית ומכאן שגם ריפויה לא מופנה לרופא כזה, טעם נוסף טמון באופיו של אהרן הכהן שהיה רודף שלום ואוהב שלום שהם תכונות המהוות אנטיתזה מוחלטת לתכונות השליליות בהם נקט החוטא שהביא על עצמו את המחלה. מכל מקום, הכהן, בודק סדרה של סימפטומים סביב הפצע כמו גודלו, מראה הבשר ועומקו, צבע וכמות השיער שבו ועוד, ועל פי פרמטרים אלו מקבל את החלטה האם מדובר בנגע צרעת או בסתם פצע השייך אכן לרפואה הקונבנציונאלית. אם הכהן סקפטי, הוא שולח את האיש אל מחוץ למחנה כלומר אל מחוץ לשלש המחנות [מחנה כהונה לויה וישראל] למשך שבעה ימים. בתום השבוע בודק הכהן את החולה שוב, האם הנגע עמד בעיניו, כלומר לא השתנה, או שמא הוא התפתח והתפשט. אם גם כעת האבחנה אינה חד משמעית, נותן לו הכהן שבוע 'הסגר' נוסף כשבסופו הוא מקבל החלטה סופית האם אכן מדובר בצרעת או בפצע עורי או תת עורי בלבד.
במקרה המצער בו החליט הכהן כי מדובר בצרעת מוכרז האיש כ'מצורע מוחלט' והוא צריך לרצות את 'ימי נגעו' מחוץ למחנה כשהוא יושב בודד ואינו מצטרף לחברה גם לטמאים אחרים שנאלצו לעזוב את המחנה. מלבד זאת עליו לפרום את בגדיו, לא לגלח את שפמו ואת שערותיו כאבל, ולהכריז על עצמו בקול כי הוא טמא ולהרחיק עצמו מחברת בני אדם. הסיבה לקונספט המחמיר הזה היא פונקציה ישירה של חטאו של הטמא, שכן הוא בדברי הרכילות, המחלוקת, והרוע שלו ביקש להפריד בין איש ואשתו ובכך להחריב ולמוטט את שלמות משפחתם של חבריו ראוי הוא כעת לתגמול הולם שיזכיר לו את מעשיו החמורים ויגרום לו להרהר ולהתנתק מהם.
ביום בו שב החוטא מחטאו והוא מזהה כי הצרעת נעלמה מגופו, יוצא הכהן אליו אל מחוץ למחנה ומאשר את ריפויו המוחלט של המצורע. אז הוא לוקח 2 ציפורים חיות טהורות, ועץ ארז, ושני תולעת ואזוב. הסיבה לבחירה בציפורים באה משום היותם סמל לפטפוט, פעולה שלילית ומיותרת בה נקט המצורע. גם עץ הארז הגבוה ועשב האזוב באים להזכיר למצורע המיטהר את נפילתו הדרסטית בעקבות התנהגותו הטיפשית, ממעמד רם ומכובד למצורע טמא ובודד מחוץ למחנה. אגב, יש הרואים בשתי הציפורים סימבול לשני היצרים המתרוצצים בנפש האדם – יצר טוב ויצר רע, ועל כן "ושחט את הציפור האחת", כלומר ישחוט האדם את יצר הרע שבו.
הכהן נוטל ציפור אחת ושוחט אותה כשאת דמה הוא מגיר אל כלי בו הוכנו מראש מים נקיים הראויים לשתיה. את הציפור הנותרת החיה, נוטל הכהן וטובל אותה ביחד עם עץ הארז, האזוב ושני התולעת בכלי בו עורבבו המים ודם הציפור השחוטה ומהם הוא מזה על המצורע המיטהר שבע פעמים. את הציפור הוא משלח על פני השדה. בנוסף לכך עורך המצורע טקס טהרה בן שבעה ימים שבסופו הוא מכבס את כל בגדיו, מתגלח, טובל, ומקריב קרבנות..